Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh kualitas layanan dan kepercayaan terhadap kepuasan pegawai Unit Pelaksana Teknis Karantina Pertanian. Metode penelitian ini menggunakan pendekatan kuantitatif dengan menyebarkan angket kepada responden lalu hasil data tersebut diolah menggunakan aplikasi SPSS 22. Hasil penelitian ini menyatakan bahwa variabel kualitas layanan berpengaruh secara parsial terhadap variabel kepuasan pegawai, variabel kepercayaan berpengaruh secara parsial terhadap variabel kepuasan pegawai dan secara bersama-sama variabel kualitas layanan dan kepercayaan berpengaruh terhadap kepuasan pegawai. Kebaruan dari penelitian ini yaitu bahwa belum pernah ada peneliti lain yang meneliti sejauh mana pengaruh kualitas layanan dan kepercayaan terhadap kepuasan pegawai di Sekretariat Badan Karantina Pertanian Kementerian Pertanian.